Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM)

Atelier de Phénotypage du Développement Racinaire

L’Atelier de Phénotypage du Développement Racinaire (PhR) est hébergé par l’UMR 5004 «Institut des Sciences des Plantes de Montpellier». Son objectif principal est d’analyser, de manière non destructive et en cinétique, la croissance du système racinaire de plantules de diverses espèces (principalement Arabidopsis, mais également medicago, tomate, riz, colza, etc.) cultivées in vitro.

L’atelier développe des méthodes et des outils à haut débit pour caractériser l’impact des conditions de culture sur la croissance racinaire des plantes. Il peut s’agir de stress osmotiques, de carences nutritionnelles, d’excès d’éléments minéraux, de teneurs élevées en CO₂ ou de stress environnementaux (température, éclairement…) en combinaisons simples ou multiples. Ces mesures servent de socle à des approches de génétique ou de physiologie moléculaire.

Les plantules sont cultivées in vitro sur boite de pétri 120×120 mm (Petit Modèle : PM) ou 240×240 mm (Grand Modèle : GM). L’atelier est équipé d’un automate de prise de vue (HIRROS : Hight Resolution Root Scanner) situé dans une chambre de culture dédiée, permettant d’ajuster la température, l’hygrométrie, l’éclairement et la photopériode selon les besoins de l’expérimentateur. Il est possible d’observer jusqu’à 150 boîtes PM (soit 750 plantules d’Arabidopsis) ou 72 boîtes GM (soit 360 plantules de riz). Les acquisitions sont planifiées selon des intervalles de temps variant de 2 à 24 heures.

L’utilisation, d’une caméra linéaire noir et blanc de 16 mégapixels, d’un objectif télécentrique et d’un rétroéclairage collimaté à LED permettent d’obtenir des images d’une résolution de 20µm à fort contraste (y compris pour Arabidopsis thaliana). Les images générées peuvent être analysées automatiquement via le logiciel RootSystemTracker développé en partenariat avec l’unité AGAPi (institut – Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et Tropicales).

L’atelier participe à plusieurs programmes de recherche au sein de l’unité IPSIM tout en étant ouvert à la communauté scientifique locale, nationale ou internationale au travers de collaborations.