Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM)

Plateau de Phénotypage du Développement Racinaire

L’Atelier de Phénotypage du Développement Racinaire, créé en 2017, est hébergé par l’UMR 5004 «Institut des Sciences des Plantes de Montpellier». Il permet d’analyser, de façon non destructive et en cinétique, la croissance du système racinaire de plantules de diverses espèces (Arabidopsis, riz, tomate, colza, medicago….) cultivées in vitro. L’objectif de l’atelier est de développer des méthodes et outils  visant à caractériser l’impact des conditions de culture sur la croissance racinaire des plantes. Il pourra s’agir de stress osmotiques, de carences nutritionnelles ou d’excès d’éléments minéraux, en combinaisons simples ou multiples. Ces mesures serviront de socle à des approches de génétique ou de physiologie moléculaire.

Les plantules sont cultivées in vitro sur boite de pétri 120×120 mm (Petit Modèle : PM) ou 240×240 mm (Grand Modèle : GM). L’atelier dispose d’un automate de prise de vue équipé d’une caméra linéaire permettant d’analyser jusqu’à 72 boites GM (soit 360 plantules de riz) et 200 boites PM (soit 1000 plantules d’Arabidopsis), avec une fréquence de prise de vue entre 2h et 24h.

L’automate de prise de vue est localisé dans une chambre de culture dédiée permettant d’ajuster la température, l’hygrométrie, l’éclairement et la photopériode aux besoins de l’expérimentateur.

L’utilisation d’un rétroéclairage colimaté à LED, d’un objectif télécentrique et d’une caméra linéraire noir et blanc de 16 Mpixels permettent d’obtenir des images d’une résolution de 12µm et à fort contracte (y compris pour Arabidopsis thaliana).

Les images générées sont stockées à long terme sur une baie de stockage sécurisée.

Les images générées peuvent être analysées automatiquement via un pipeline intégré dans la suite OpenAleaLab (https://team.inria.fr/virtualplants/software/). L’atelier est adossé à plusieurs programmes de recherche de l’unité. Toutefois, il est largement ouvert à la communauté scientifique au travers de collaborations avec des laboratoires locaux, nationaux et internationaux.