Plateau de Phénotypage du Développement Racinaire

L’Atelier de Phénotypage du Développement Racinaire, créé en 2017, est hébergé par l’UMR 5004 « Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes ». Il permet d’analyser, de façon non destructive et en cinétique, la croissance du système racinaire de plantules de diverses espèces (Arabidopsis, riz, tomate, colza, medicago….) cultivées in vitro. L’objectif de l’atelier est de développer des méthodes et outils  visant à caractériser l’impact des conditions de culture sur la croissance racinaire des plantes. Il pourra s’agir de stress osmotiques, de carences nutritionnelles ou d’excès d’éléments minéraux, en combinaisons simples ou multiples. Ces mesures serviront de socle à des approches de génétique ou de physiologie moléculaire.

Les plantules sont cultivées in vitro sur boite de pétri 120x120 mm (Petit Modèle : PM) ou 240x240 mm (Grand Modèle : GM). L’atelier dispose d’un automate de prise de vue équipé d’une caméra linéaire permettant d’analyser jusqu’à 72 boites GM (soit 360 plantules de riz) et 200 boites PM (soit 1000 plantules d’Arabidopsis), avec une fréquence de prise de vue entre 2h et 24h.

L’automate de prise de vue est localisé dans une chambre de culture dédiée permettant d’ajuster la température, l’hygrométrie, l’éclairement et la photopériode aux besoins de l’expérimentateur.

L’utilisation d’un rétroéclairage colimaté à LED, d’un objectif télécentrique et d’une caméra linéraire noir et blanc de 16 Mpixels permettent d’obtenir des images d’une résolution de 12µm et à fort contracte (y compris pour Arabidopsis thaliana).

Les images générées sont stockées à long terme sur une baie de stockage sécurisée.

Les images générées peuvent être analysées automatiquement via un pipeline intégré dans la suite OpenAleaLab (https://team.inria.fr/virtualplants/software/). L’atelier est adossé à plusieurs programmes de recherche de l’unité. Toutefois, il est largement ouvert à la communauté scientifique au travers de collaborations avec des laboratoires locaux, nationaux et internationaux.

modalités d'accès
  • L’accès à l’atelier se fait dans le cadre de collaboration scientifique.
  • Toute demande d’accès doit être faite via le formulaire de demande et envoyée par mail à philippe.nacry@inra.fr. Elle sera analysée et priorisée par le comité de pilotage de l’atelier. Après réception de l’avis, prendre contact avec Philippe Nacry (philippe.nacry@inra.fr) pour organiser le déroulement des manipulations.
Personnels / Organigramme

Philippe Nacry
Responsable scientifique
Téléphone : 04 99 61 27 08
Bureau : 187

Expertise

Domaine d’expertise :
Analyser non destructive et en cinétique la croissance du système racinaire de plantules de diverses espèces cultivées in vitro.

Prestations :

  • Accompagnement de l’utilisateur, incluant la mise en place de l’expérimentation et l’assistance pendant le suivi de l’expérience,
  • Accès aux équipements de B&PMP pour la préparation des milieux de culture, des boites et le repiquage des plantes
  • La gestion et le stockage sécurisé des images
  • La formation de l’utilisateur
  • L’assistance et le conseil pour l’analyse des images générées
Matériels / Technologies
  • Chambre de culture dédiée
    • Température (12 à 35°C),
    • Hygrométrie (50% à 95%),
    • Eclairage Vegeled Floodlight (40 à 350 µE)
    • Photopériode de 0 à 24H
Formations
  • Accompagnement de l’utilisateur, incluant la mise en place de l’expérimentation et l’assistance pendant le suivi de l’expérience,
  • Accès aux équipements de B&PMP pour la préparation des milieux de culture, des boites et le repiquage des plantes
  • La gestion et le stockage sécurisé des images
  • La formation de l’utilisateur
  • L’assistance et le conseil pour l’analyse des images générées
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