Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM)

Atelier de Phénotypage du Développement Racinaire (PhR)

L’Atelier de Phénotypage du Développement Racinaire (PhR), permet d’analyser, de façon non destructive et en cinétique, la croissance du système racinaire de plantules de diverses espèces (principalement Arabidopsis, mais aussi riz, tomate, colza, medicago….) cultivées in vitro.

L’atelier développe des méthodes et outils à haut débit visant à caractériser l’impact des conditions de culture sur la croissance racinaire des plantes. Il peut s’agir de stress osmotiques, de carences nutritionnelles, d’excès d’éléments minéraux, de teneurs élevées en CO₂ ou de stress environnementaux (température, éclairement…) en combinaisons simples ou multiples.

Les plantules sont cultivées in vitro sur boite de pétri 120×120 mm (Petit Modèle : PM) ou 240×240 mm (Grand Modèle : GM). L’atelier est équipé d’un automate de prise de vue (HIRROS : Hight Resolution Root Scanner)  permettant d’imager jusqu’à 150 boites PM (soit 750 plantules d’Arabidopsis) ou 72 boites GM (soit 360 plantules de riz). Les acquisitions sont planifiées selon des intervalles de temps variant de 2 à 24 heures. L’utilisation d’un rétroéclairage collimaté à LED, d’un objectif télécentrique et d’une caméra linéaire noir et blanc de 16 Mpixels permettent d’obtenir des images d’une résolution de 20µm et à fort contracte (y compris pour Arabidopsis thaliana). L’automate de prise de vue est localisé dans une chambre de culture dédiée permettant d’ajuster la température, l’hygrométrie, l’éclairement et la photopériode selon les besoins de l’expérimentateur.

Les images générées peuvent actuellement être analysées de façon automatique via le logiciel RootSystemTracker (longueur de la racine primaire, nombre et longueur des racines latérales). D’autres approches visant à automatiser l’analyse d’image sont en cours de développement.

Service proposé :
Amandine Crabos assure le fonctionnement opérationnel de l’atelier. Elle a pour mission de :

• Vous conseiller et assister pour la préparation et la coordination des expériences et compléter les différents formulaires relatifs à l’utilisation de la plateforme
• Mettre au point des protocoles spécifiques pour de nouvelles espèces ou de nouveaux modes de culture
• Conseiller et assister pour la préparation des boîtes de culture, le semis et le transfert des plantes
• Programmer et piloter l’automate de prise de vue
• Accompagner à l’utilisation du logiciel d’analyse d’images RootSystemTracker

Veuillez noter que Amandine n’est pas disponible les mercredis après-midi. En conséquence, les utilisateurs doivent assurer eux-mêmes la surveillance de leur expérience pendant cette période

Coûts :
Accès gratuit à condition de fournir tout le matériel (boites, milieux) et la main d’œuvre pour la réalisation des expériences et l’analyse des images (Amandine intervient en soutien pour les expériences de plus de 70 boites).

Conditions d’utilisation et valorisation de l’atelier :
En venant réaliser des expériences sur l’Atelier de Phénotypage du Développement racinaire, vous vous engagez à participer à la valorisation de l’atelier selon les modalités suivantes :

• Co-auteur (responsables techniques et scientifiques) de la première publication utilisant la plateforme par équipe et par espèce
• Par la suite : remerciement de l’atelier et du responsable technique
  ou co-signature de l’article pour le responsable technique s’il y a implication importante dans les expériences.