Plateforme de spectrométrie de masse protéomique

La Plateforme MSPP de l’IPSiM est une plateforme du Pôle Protéome de Montpellier (PPM), structurationrégionale des capacités technologiques en analyse protéomique. Cette structure, labellisée plateforme protéomique par le GIS IBiSA à l’échelle nationale, bénéficie également au niveau régional du label de Grand Equipement Pour l’Evolution Technologique et l’Ouverture Scientifique (GEPETOs). Au plan institutionnel, la MSPP est labellisée plateforme régionale en protéomique par l’INRAE.
Dans le domaine de la protéomique fonctionnelle, la plateforme offre une réelle expertise et des moyens technologiques performants en biochimie, en spectrométrie de masse et en bio-informatique.
Ces moyens nous permettent d’aborder de nombreux projets de recherche et de développement dans l’analyse quantitative différentielle des protéines, l’analyse des modifications post-traductionnelles, et l’analyse des réseaux d’interactions.
La plateforme accueille des programmes réalisés sous forme de collaborations (ou de prestations) pour un nombre important d’équipes de recherche académiques en biologie, principalement françaises, et quelques laboratoires privés.
Les membres de la plateforme animent de nombreuses opérations de communication, d’accueil et de formation.

modalités d'accès

Afin de définir au mieux les stratégies les plus adaptées à votre problématique, nous vous conseillons de nous contacter dès l’élaboration de votre projet.
Pour tout contact :
umr-ipsim-mspp@supagro.fr

Les conditions de mise en place et de déroulement d’un projet de protéomique sur la plate-forme sont détaillées dans la « charte PPM ».
– Tarifs
Un devis sera fourni sur demande pour toute demande de prestation.
1 analyse LC-MS/MS 150 € HT (public) 480 € HT (privé)
Ce tarif inclus :
• Les formations protéomiques dispensées par le personnel de la plate-forme (si nécessaires à la réalisation du projet).
• Le matériel et les consommables nécessaires au traitement biochimique des échantillons pour une analyse en spectrométrie de masse (gels d’électrophorèse et enzymes par exemple).
• L’acquisition des données sur les spectromètres de masse.
• Le traitement (recherche dans les bases de données par exemple), la validation et la mise en forme des résultats grâce aux outils bio-informatiques dédiés.
Pour les prestations réalisées dans le cadre de collaborations, une partie du coût des analyses pourra être prise en charge par la plate-forme. Cette participation dépendra de la nature des analyses, du nombre d’échantillons traités et du degré de collaboration.

Personnels / Organigramme
Expertise
Préparation biochimique des échantillons pour l’analyse protéomique
• Fractionnement des mélanges protéiques complexes par électrophorèse
• Digestion enzymatique in gel ou liquide des protéines
• Enrichissement peptidique (phosphopeptides)
Identification et quantification des protéines par spectrométrie de masse à haute résolution
• Identification à grande échelle des protéines
• Analyse de modifications post-traductionnelles (phosphorylations, ubiquitinylations)
• Interactomique
• Analyse quantitative sans marquage (Label-Free) pour l’étude des variations d’un protéome
• Analyse ciblée de protéines par Parallel Reaction Monitoring (PRM)
Analyse bioinformatique des données
• Analyse et retraitement des données (identification, quantification, validation)
• Conception et développement de chaînes de retraitement des données.
Matériels / Technologies
La plateforme propose des technologies de pointe de l’analyse protéomique.

Préparation biochimique

La plateforme dispose d’un laboratoire de biochimie dédié à la préparation d’échantillons spécifique à l’analyse protéomique.
Systèmes d’électrophorèse Mini-PROTEAN ® (Biorad)
• Speed vac
HPLC préparative U3000 (Thermo Fisher Scientific) : separation off-line des peptides

Certains équipements sont mis à disposition des collaborateurs souhaitant préparer leurs échantillons (sous condition de formation).

Spectrométrie de masse


2 nano-HPLC Thermo Fisher Scientific couplées indépendamment aux spectromètres de masse (Maxis HD Bruker et Q-exactive + Thermo Fisher Scientific).
nanoHPLC U3000 FLM (Thermo Scientific™ Dionex™)
nanoHPLC NCS U3500 RS (Thermo Scientific™ Dionex™)
un spectromètre de masse Exploris™ 240 (Thermo Scientific)
un spectrometre de masse Maxis IMPACT™ (Bruker) équipé d’une source captive spray nanobooster™

Informatique et Bioinformatique

La plate-forme est dotée d’une salle de retraitement informatique ouverte aux collaborateurs (suivant accord préalable et formation).
L’offre informatique s’appuie sur des logiciels, outils, et matériels dédiés.

Identification des protéines
• Mascot 2.4 (Matrix Science) sur serveur :http://www.matrixscience.com/
• X!tandem pipeline: http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/
• Proteome Discoverer ™ 1.4 (Thermo Fisher Scientific): https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/IQLAAEGABSFAKJMAUH
• ProteinScape 3.1 (Bruker) sur Serveur : mass-spectrometry-and-separations
• Andromeda : maxquant andromeda

Quantification des protéines sans marquage
• MaxQuant (Max-Planck Institute of Biochemistry): http://www.coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start
• Skyline (MacCoss Lab Software) : https://skyline.ms/project/home/software/Skyline/begin.view
• MassChroq: http://pappso.inra.fr/bioinfo/masschroq/

Analyses statistiques
• Développement de scripts (Perl, R)
• Perseus (Max-Planck Institute of Biochemistry):http://www.coxdocs.org/doku.php?id=perseus:start
• SAS: https://www.sas.com/fr_fr/software/analytics/stat.html

Stockage des données
60 Téra-octets en Raid5 réparties sur 2 baies de stockages et sauvegardées quotidiennement sur des baies jumelles délocalisées.

Qualité
Serveur Redmine

Formations

La plateforme dispense des formations pratiques de moyenne à longue durée pour le personnel des laboratoires associés dans des collaborations scientifiques et pour des étudiants dans le cadre de stage.

Formations pratiques proposées en biochimie (dans le cadre de collaborations)

  • Séparations sur gels appliqués à la protéomique
  • Digestion liquide et in gel de protéines pour analyse en spectrométrie de masse
  • Enrichissement en phosphopeptides

 

Formation BioCampus Montpellier

La plateforme organise des formations dans le cadre des formations technologiques proposés par BioCampus Montpellier :

  • Interactomique: approches basées sur la spectrométrie de masse et la résonance plasmonique de surface (28 novembre 2014) 2014 biocampus interactomique

Formations INRAE, CNRS et INSERM

La plateforme organise et participe à l’enseignement dans des écoles thématiques en protéomique et incluant des aspects protéomiques:

Actualités

Achat de nanoHPLC

Fin 2016, la plateforme MSPP a renouvelé une nano-HPLC (U3000, Thermo Fisher Scientific)  installée en 2003. En effet, cette nouvelle génération de nano-HPLC (NCS U3500 RS , Thermo Fisher Scientific) permet de supporter des pressions pouvant atteindre 800 Bars et donc d’utiliser des colonnes de plus grandes longueur (50 cm) par exemple, afin d’obtenir une plus grande capacité de séparation des pics lors d’une analyse.

 

Achat du spectromètre de masse Exploris 240

En 2021, MSPP s’est doté d’un nouveau spectromètre de masse : l’Exploris 240 (Thermo Fisher Scientific) qui est  un spectromètre de paillasse permettant la sélection de l’ion précurseur par un quadripôle haute performance et la détection par un analyseur Orbitrap à transformée de Fourier. Il s’agit d’un spectromètre de masse haute résolution, à haute précision de masse et à haute sensibilité. Cet équipement de dernière génération a été obtenu grâce au soutien de l’INRAE (65 k€), des unités IPSiM et UAR BioCampus Montpellier (demandes petits équipements plateforme 2019, 40 k€) et à des fonds propres de la MSPP (22 k€). Des co-financements IBiSA (Appel d’offres Plateformes 2019, 90 k€) et de Université de Montpellier (appel à projets Soutien à la recherche 2020, 50 k€) ont également été obtenus pour l’achat de ce spectromètre de masse.

Organisation Mass Prot

La Formation Permanente du Centre PACA, le réseau MassProt’INRAE et Formasciences organisent une Ecole Chercheur « Protéomique – « De la préparation des échantillons à l’interprétation des résultats. Stratégies et aspects pratiques », du mardi 30 novembre 2021 au vendredi 3 décembre 2021 à Sète (34). Cette Cette école est conçue pour aider les participants à concevoir et à réaliser au mieux leur projet en protéomique, puis à en exploiter le mieux possible les résultats (critères de validation, outils de traitements et pré-requis pour la publication).

Plaquette Ecole Chercheur MassProt

Congrès SMAPP 2022

Le Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique, la Société Française de Protéomique, la Société Française de Spectrométrie de Masse et l’Association Francophone des Sciences Séparatives organisent à Nantes, du 5 au 8 septembre 2022 organise un événement inédit en sciences analytiques. https://www.analytics2022.fr/

Publications

Berger N, Demolombe V, Hem S, Rofidal V, Steinmann L, Krouk G, Crabos A, Nacry P, Verdoucq L, Santoni V (2022) Root membrane ubiquitinome under short-term osmotic stress. Int. J. Mol. Sci., 23(4):1956

Pamukcu S, Cerutti A, Bordat Y, Hem S, Rofidal V, Besteiro S (2021) Differential contribution of two organelles of endosymbiotic origin to iron-sulfur cluster synthesis and overall fitness in Toxoplasma. PLoS Pathog., 17(11):e1010096

Robe K, Stassen M, Chamieh J, Gonzalez P, Hem S, Santoni V, Dubos C, Izquierdo E (2021) Uptake of Fe-fraxetin complexes, an IRT1 independent strategy for iron acquisition in Arabidopsis thaliana. bioRxiv,

Robe K, Conéjéro G, Gao F, Lefebvre-Legendre L, Sylvestre-Gonon E, Rofidal V, Hem S, Rouhier N, Barberon M, Hecker A, Gaymard F, Izquierdo E, Dubos C (2021) Coumarin accumulation and trafficking in Arabidopsis thaliana: a complex and dynamic process. New Phytol., 229(4):2062-2079

Jacquot A, Chaput V, Mauriès A, Li Z, Tillard P, Fizames C, Bonillo P, Bellegarde F, Laugier E, Santoni V, Hem S, Martin A, Gojon A, Schulze W, Lejay L (2020) NRT2.1 C-terminus phosphorylation prevents root high affinity nitrate uptake activity in Arabidopsis thaliana. New Phytol., 228(3):1038-1054

Berger N, Vignols F, Touraine B, Taupin-Broggini M, Rofidal V, Demolombe V, Santoni V, Rouhier N, Gaymard F, Dubos C (2020) A global proteomic approach sheds new light on potential iron-sulfur client proteins of the chloroplastic maturation factor NFU3. Int. J. Mol. Sci., 21(21):8121

Berger N, Vignols F, Przybyla-Toscano J, Roland M, Rofidal V, Touraine B, Zienkiewicz K, Couturier J, Feussner I, Santoni V, Rouhier N, Gaymard F, Dubos C (2020) Identification of client iron-sulfur proteins of the chloroplastic NFU2 transfer protein in Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot., 71(14):4171-4187

Serre NBC, Sarthou M, Gigarel O, Figuet S, Corso M, Choulet J, Rofidal V, Alban C, Santoni V, Bourguignon J, Verbruggen N, Ravanel S (2020) Protein lysine methylation contributes to modulating the response of sensitive and tolerant Arabidopsis species to cadmium stress. Plant Cell Environ., 43(3):760-774

Gao F, Robe K, Bettembourg M, Navarro N, Rofidal V, Santoni V, Gaymard F, Vignols F, Roschzttardtz H, Izquierdo E, Dubos C (2020) The transcription factor bHLH121 interacts with bHLH105 (ILR3) and its closest homologs to regulate iron homeostasis in Arabidopsis. Plant Cell, 32(2):508-524

Stavrinides AK, Dussert S, Combes M-C, Fock-Bastide I, Severac D, Minier J, Bastos-Siqueira A, Demolombe V, Hem S, Lashermes P, Joët T (2020) Seed comparative genomics in three coffee species identify desiccation tolerance mechanisms in intermediate seeds. J. Exp. Bot., 71(4):1418-1433

Roland M, Przybyla-Toscano J*, Vignols F*, Berger N*, Azam T, Christ L, Santoni V, Wu H-C, Dhalleine T, Johnson MK, Dubos C, Couturier J, Rouhier N (2020) The plastidial Arabidopsis thaliana NFU1 protein binds and delivers [4Fe-4S] clusters to specific client proteins. J. Biol. Chem., 295(6): 1727-1742

 

Qualité et remerciements PF
  • Remerciements
    Dans les remerciements et/ou dans la rubrique Matériels et Méthodes, l’apport technique de la plateforme MSPP doit être souligné et mentionné clairement et les personnels directement impliquées, lorsqu’ils ne sont pas co-auteurs, peuvent être nommés.
    Exemple : « We acknowledge the Mass Spectrometry Proteomics Platform (MSPP) for technical support.« 
    [ Remercier une plateforme BioCampus
  • Qualité
    « Afin de pleinement souscrire aux critères de qualité des plates-formes IBiSA, la plateforme de Spectrométrie de Masse Protéomique ou Mass Spectrometry Proteomic Platform (MSPP) , membre du PPM, était certifiée ISO 9001:2008 depuis le 02/02/2009, puis est devenue ISO 9001:2015 depuis le 11 mai 2017 et jusqu’au 29/04/2020 pour le domaine
    « Recherche, expertise et prestations en protéomique dans les domaines de la biologie et de la santé »
    Le 15/07/2015, cette certification a été étendue à l’ensemble du Pôle Protéome de Montpellier.
Accès restreint / réservé

MISTRAL international summer school on ion and water transport in plants

30 juin-13 juillet 2022, Montpellier France. Organisatrice: Anne-Aliénor Véry (IPSiM équipe TICER)

MISTRAL 2018

2-13 juillet 2018 – Montpellier International School on ion and water TRAnsport in PLant – BPMP, Montpellier – Organisateurs : Alain Gojon & Anne-Aliénor Véry