L’une des spécificités de hi-sAFe est qu’il peut simuler l’effet de différents schémas de plantation dans différentes conditions pédoclimatiques en représentant précisément la croissance des racines et la plasticité de l’architecture racinaire en fonction de la compétition avec la culture mais aussi des pratiques culturales telles que l’élagage des racines.

La croissance des racines fines des arbres est représentée par un automate cellulaire, c’est-à-dire une sorte de «prolifération» d’un voxel à l’autre, avec plus de racines fines créées plus d’eau pouvant être extraite, en tenant compte des les racines de structures nécessaires pour soutenir ces fines racines.

Les racines de structure sont représentées de manière spatialement explicite, avec deux caractéristiques: la topologie du système racinaire et le diamètre de la racine.

L’autre spécificité de la représentation des racines dans Hi-sAFe est qu’elle représente explicitement le cycle du carbone: la croissance des racines est contrôlée par la quantité de C incorporée par la photosynthèse, et le carbone des racines mortes est libéré dans le sol.