Banques graines B&PMP
Gestion des stocks de graines avec SeedUSoon
Installation et modalités d’utilisation du logiciel SeedUSoon.
Le logiciel SeedUSoon développé au CEA (Cadarache/Grenoble) présenté au laboratoire en septembre a été choisi pour la gestion des stocks de graines.
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Les modalités de mise en place et d’utilisation ont été définies comme suit :
- Une base par équipe, gérée par un administrateur responsable de l’attribution des droits (writer ou reader ) pour son équipe.
Le logiciel permet de stocker des informations génétiques et organisationnelles (stockage, traçabilité et résultats des contrôles effectués). Toutes les informations renseignées dans la base sont consultables par tous les membres de l’équipe, y compris les données de localisation. Les informations sont facultatives mais le renseignement de toutes les informations génétiques utiles pour les autres utilisateurs est fortement conseillé.
- Les données concernant les lignées peuvent être exportées. Dans ce cas, seules les données génétiques sont exportées, pas les données personnelles (N° de lot, localisation).
- Une base commune IPSiM, administrée par Henrique
Cette base contenant les lignées exportées des bases Equipe a pour finalité de donner accès aux agents de l’IPSiM à la liste des lignées présentes et à leurs caractéristiques génétiques.
En pratique, chaque équipe doit désigner un administrateur, référent de l’équipe et en informer Henrique et Colette, qui passeront dans les équipes pour installer le logiciel et la base Equipe et expliquer les fonctionnalités du logiciel et des modalités d’utilisation.
Centre de ressources
Stock Centers (DNA, Seeds, other Physical Resources):
- Nottingham Arabidopsis Stock Centre (NASC) provides seed and resources to the Arabidopsis Research Community
- The Versailles Arabidopsis Stock Center provides seeds useful to the international research community. It is based in Versailles (France), at the Jean-Pierre Bourgin Institute (IJPB) of the National Institute for Agricultural Research (INRA)
- The ABRC collects, preserves, reproduces and distributes diverse seed and other stocks of Arabidopsis thaliana and related species. Resources are donated by researchers from around the world. More than 100,000 samples are shipped annually to researchers and educators from 60 countries. ABRC and NASC aim to mirror their seed stock resources
- Gabi-Kat – Seed stocks from Bielefeld University (Weisshaar lab) containing flanking sequence tags (FSTs) from T-DNA mutagenised Arabidopsis thaliana plants (accession Columbia)
- Gateway Vectors – Using the Gateway format, the Plant Systems Biology group at VIB has constructed over 200 versatile vectors for gene functional analysis in plants and other species.The plasmid accessions comprise Gateway destination vectors, entry clones and intermediary plasmids for transgene construction. All plasmids are documented with a graphical map and the corresponding Vector NTI file
- The RIKEN Bioresource Research Center (BRC) provides seed and DNA stocks for Arabidopsis thaliana and other plant species The stocks represented may be available only at this center