Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM)

Afin d’accompagner au mieux ses utilisateurs dans l’analyse de leurs données, les domaines d’expertise de l’atelier Gen2Bio sont :

• RNA-seq : contrôle qualité, filtres, mapping, comptages, normalisation, analyse d’expression différentielle, visualisations, clustering, …
• ChIP-seq: contrôle qualité, mapping, détection de pics, analyse d’enrichissement différentiel, comparaison avec des données RNA-seq
• Identification de mutations par DNA-seq
• Inférence de réseaux de régulation et de réseaux de co-expression (approches random forests -GENIE3/DIANE, co-expression, …)
• Fouille de données
• Analyse de séquences : recherche d’homologie, alignements multiples, phylogénie
• Recherche de motif (séquences cis, sites de restriction …), recherche de marqueurs polymorphes, synthénie
• Recherche de domaines protéiques, interactions protéine-protéine, localisation subcellulaire …

Nous utilisons principalement des langages de scripting (R, php, perl, sql). Nous avons à notre disposition au sein du Laboratoire un serveur Debian et utilisons si besoin les serveurs de calculs de GenoToul ou de l’ISDM

Outils en ligne développés par des membres de l’IPSiM :

• DIANE, une application Shiny pour l’analyse de données RNA-seq développée par Océane Cassan, doctorante dans l’équipe Sirene : https://diane.ipsim.inrae.fr/
• AraNoisy, une application Shiny pour explorer le niveau de variabilité transcriptionnelle inter-individu pour les gènes d’Arabidopsis thaliana développé par Sandra Cortijo, chercheuse dans l’équipe Sirene : https://jlgroup.shinyapps.io/AraNoisy/

L’atelier Gen2Bio anime depuis 2023 le groupe de discussion analyse de données de l’IPSiM qui se réunit tous les deux mois. Ce groupe a pour vocation de discuter et de se former sur divers sujets en rapport avec l’analyse de données. Les thématiques qui ont été abordées sont (liste non exhaustive): l’utilisation de l’IA dans l’apprentissage au codage, la normalisation de données, le choix de tests statistiques, R et Rmarkdown, les bonnes pratiques lors de la création de graphiques, l’analyse de données RNA-seq.

Sandra Cortijo a aussi créé les deux formations suivantes qui sont accessibles à l’ensemble du personnel de l’UMR :

• Introduction à l’analyse de données avec R : https://scortijo.github.io/2024_L3_R/
• Analyse de données RNA-seq avec R : https://scortijo.github.io/2024_M2_RNAseq/

Mozzanino T, Li M, Fizames C, Adamo M, Lejay L, Dubos C, Platre M, Martin A✉ (2025) An intracellular transporter mitigates the CO2-induced decline in iron content in Arabidopsis shoots. Febs Lett., (in press)

Lecuyer C*, Vettor A*, Fizames C, Javot H, Martin A, Mazouzi M, Cortijo S✉ (2025) Establishment, maintenance and consequences of inter-individual transcriptional variability for a gene involved in nitrate nutrition in plants. bioRxiv,

Hmidi D, Muraya F, Fizames C, Véry A-A, Roelfsema MR✉ (2025) Potassium extrusion by plant cells: evolution from an emergency valve to a driver of long-distance transport. New Phytol., 245(1):69-87

Cassan O, Pimparé L-L, Mozzanino T, Fizames C, Devidal S, Roux F, Milcu A, Lèbre S, Gojon A, Martin A✉ (2024) Natural genetic variation underlying the negative effect of elevated CO2 on ionome composition in Arabidopsis thaliana. eLife, 23(12):RP90170

Corratgé-Faillie C, Matic L, Chmaiss L, Zhour H, Lolivier J-P, Audebert P-A, Bui TX, Seck M, Chinachanta K, Fizames C, Wipf D, Sentenac H, Véry A-A, Courty P-E, Luu DT✉ (2023) Arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis expresses an outwardly Shaker-like channel involved in rice potassium nutrition. bioRxiv,

Chaput V, Li J, Séré D, Tillard P, Fizames C, Moyano TC, Zuo K, Martin A, Gutiérrez RA, Gojon A, Lejay L✉ (2023) Characterization of the signalling pathways involved in the repression of root nitrate uptake by nitrate in Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot., 74(14):4244-4258

Zhour H, Bray F*, Dandache I*, Marti G, Flament S, Perez A, Lis M, Cabrera-Bosquet L, Perez T, Fizames C, Baudoin E, Madani I, El Zein L, Véry A-A, Rolando C, Sentenac H, Chokr A, Peltier J-B✉ (2022) Wild wheat rhizosphere-associated plant growth-promoting bacteria exudates: effect on root development in modern wheat and composition. Int. J. Mol. Sci., 23(23):15248

Séré D, Cassan O, Bellegarde F, Fizames C, Boucherez J, Schivre G, Azevedo J, Lagrange T, Gojon A, Martin A✉ (2022) Loss of Polycomb proteins CLF and LHP1 leads to excessive RNA degradation in Arabidopsis. J. Exp. Bot., 73(16):5400-5413

Yang S, Nguyen TH, Fizames C, Li J, Wang S, Vernet A, Guiderdoni E, Wang S, Huang Y-N, Hao D-L, Wang J, Sentenac H, Véry A-A, Su Y-H✉ (2022) A short shaker channel mediates K+ loading to root conducting tissues and contributes to rice grain yield under field conditions. Res. Square,

Ruffel S*, Chaput V*, Przybyla-Toscano J, Fayos I, Ibarra C, Moyano TC, Fizames C, Tillard P, O’Brien JA, Gutiérrez RA, Gojon A, Lejay L✉ (2021) Genome-wide analysis in response to nitrogen and carbon identifies regulators for root AtNRT2 transporters. Plant Physiol., 186(1):696-714

Garcia K✉, Guerrero-Galán C, Frank HER, Haider MZ, Delteil A, Conéjéro G, Lambilliotte R, Fizames C, Sentenac H, Zimmermann SD✉ (2020) Fungal Shaker-like channels beyond cellular K+ homeostasis: A role in ectomycorrhizal symbiosis between Hebeloma cylindrosporum and Pinus pinaster. PLoS one, 15(11): e0242739

Jacquot A, Chaput V, Mauriès A, Li Z, Tillard P, Fizames C, Bonillo P, Bellegarde F, Laugier E, Santoni V, Hem S, Martin A, Gojon A, Schulze W, Lejay L✉ (2020) NRT2.1 C-terminus phosphorylation prevents root high affinity nitrate uptake activity in Arabidopsis thaliana. New Phytol., 228(3):1038-1054