Plateau Technique de  Transcriptomique GeneAtlas®

GeneAtlas® System : Outil d’analyse transcriptomique dédié à l’étude de l’expression des gènes chez les plantes modèles.

Le laboratoire B&PMP s’est doté en 2014 du Système GeneAtlas d’Affymetrix qui permet de réaliser, rapidement et au laboratoire, l’ensemble des étapes nécessaires à l’acquisition de données de transcriptome. Les données d’expression de gènes sont acquises par hybridation de puces à ADN (organisées en barettes indivisibles de 4 puces). A ce jour, le système permet d’avoir accès à l’expression des gènes des plantes modèles Arabidopsis thaliana, Medicago, Soja et Riz. Par exemple, les puces d’Arabidopsis donnent accès à l’expression de plus de 28.000 gènes, y compris les précurseurs des miRNAs.

La simplicité du système permet à tout un chacun de faire ses expériences de transcriptome quand il le souhaite. Le protocole d’acquisition des ADNc marqués consiste en une expérience de biologie moléculaire classique. L’hybridation des puces se fait dans une Station d’Hybridation dédiée. Un premier appareil robotisé appelé Station Fluidic permet les lavages et la coloration des puces. Un Imager permet ensuite la lecture des 4 puces en parallèle. Finalement, un ordinateur dédié à l’analyse des données est disponible. Sur celui-ci, le logiciel Expression Console permet l’analyse des contrôles qualités de la puce et le logiciel Transcriptome Analysis Console (TAC) permet la normalisation des données suivie d’une analyse permettant d’identifier les gènes différentiellement exprimés en comparant des traitements 2 à 2 (Analyse statistique utilisant un t.test).

Cet outil permet de lever les limitations suivantes : le budget nécessaire pour l’hybridation d’une puce est diminué, le système est moins complexe et évite de délocaliser ses expériences sur des plateformes (donc contrôle des protocoles, des timing, des données etc…). Dans un contexte de développement des approches de biologie des systèmes, impliquant une approche systématique et de type itérative où chaque analyse transcriptomique nourrit le modèle de réseaux de régulation, cet outil nous permet d’accéder à la connaissance des réseaux de signalisation et de régulation de gènes qui contrôlent l’homéostasie des nutriments chez Arabidopsis thaliana et d’autres plantes modèles à B&PMP.

modalités d'accès

contacter Sandrine Ruffel  sandrine.ruffel@inra.fr

Personnels / Organigramme

Sandrine Ruffel
Responsable Scientifique
Téléphone : 04 99 61 27 12
Bureau : 162

Expertise

Obtention de données de transcriptome pour des plantes modèles par hybridation de puces à ADN

Matériels / Technologies

BREVE DESCRIPTION : Station d’hybridation / Station Fluidic / Imager

DESCRIPTION TECHNIQUE :

La station d’hybridation correspondant à un bloque chauffant adapté aux barrettes des puces à ADN. Il permet l’hybridation des puces à 48°C. La station Fluidic correspond essentiellement à un bras robotisé qui permet de laver et de révéler les puces en les passant tour à tour dans les tampons et les réactifs selon le protocole du fournisseur. La composition des tampons de lavage n’est pas fournie. La révélation des puces se fait quant à elle grâce à l’interaction biotin/streptavidine couplée à la Phycoerytherin (absorbance à 488nm et émission à 575nm). L’imager permet de scanner les puces afin d’extraire les intensités d’hybridation pour chaque gène présent sur les puces

Formations
  • design des expériences / budgétisation / devis
  • biologie moléculaire / hybridation / scan
  • analyse des données : contrôle qualité, normalisation, identification de gènes différentiellement exprimés par analyse standard, correspondance sonde – AGI (pour Arabidopsis)
  • utilisation du système GeneAtlas avec comme objectif la formation d’un référent par équipe afin que chaque équipe soit autonome.
Actualités
Publications

Shahzad Z, Canut M, Tournaire-Roux C, Martinière A, Boursiac Y, Loudet O, Maurel C✉ (2016) A potassium-dependent oxygen sensing pathway regulates plant root hydraulics.Cell, 167(1):87-98.e14

Medici A, Marshall-Colón A, Ronzier E, Szponarski W, Wang R, Gojon A, Crawford NM, Ruffel S, Coruzzi GM, Krouk G✉ (2015) AtNIGT1/HRS1 integrates nitrate and phosphate signals at the Arabidopsis root tip. Nat. Commun., 6:6274

Qualité
Accès restreint / réservé