IBIP seminar

Wednesday, April 29, 2015

Une approche combinée génomique-transcriptomique pour l’étude des interactions symbiotiques entre Frankia alni et Alnus glutinosa

Philippe Normand
Equipe Symbiose Actinorhizienne – Université Lyon1 – Villeurbanne

La symbiose racinaire s’établissant entre l’Actinobactérie Frankia alni et l’aulne glutineux (Rosales) peut être exploitée pour initier la succession végétale sur des sites pauvres en nutriments. En employant une approche EST (expressed-sequence-tag; fragments de gènes exprimés), nous avons identifié 15000 gènes présents chez l’aulne et les casuarina pour ensuite produire des puces à ADN. Nos résultats ont démontré la présence, chez ces plantes actinorhiziennes, de la plupart des déterminants symbiotiques des Légumineuses. Le rôle des défensines chez ces plantes actinorhiziennes sera discuté puisque les gènes encodant pour ces peptides étaient parmis les 20 gènes les plus surexprimés en présence de Frankia alni. Chez la bactérie, le séquençage de plusieurs génomes nous a permis de réévaluer leur phylogénie. Parallèlement, des gènes ayant des homologies faibles avec les gènes nodB et nodC de Rhizobium spp. ont été notés, mais aucun gène canonique n’a été identifié chez Frankia alni. Parmi les gènes bactériens les plus surexprimés, certains codent pour des protéines intimement associées à la vie symbiotique, dont la nitrogénase, l’hydrogénase, les protéines fer-soufre et les enzymes de biosynthèse des hopanoïdes. Enfin, certains résultats seront présentés concernant une approche hétérologue (E. coli – Streptomyces sp.) pour identifier les gènes de Frankia importants pour l’établissement de la symbiose.


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