Le projet BIODIVERSIFY est divisé en cinq groupes de tâches scientifiques et technologiques (WP1 à WP5), un groupe de tâches ayant un double rôle de diffusion/transfert de technologie et de gestion de projet (WP6), tous en forte interaction (figure ci-dessous).
Le WP1 gérera les 8 études de cas dans le cadre d’une approche participative visant à co-concevoir des systèmes de culture et d’exploitation innovants basés sur une haute diversité spécifique, en utilisant les connaissances scientifiques et spécialisées existantes et en tenant compte des besoins des agriculteurs. Les WP2 et WP3 produiront de nouvelles connaissances scientifiques sur les performances agronomiques de génotypes sélectionnés, les rotations de cultures innovantes, les systèmes de cultures associées et d’agroforesterie afin de confirmer la pertinence des systèmes de culture HDS co-conçus par le WP1. Le WP4 utilisera les informations des WP2 et WP3 comme intrants pour la modélisation des systèmes de culture (au niveau de la parcelle et à l’échelle de la rotation) proposés dans le WP1 et fournira divers types de résultats au WP5 (au niveau de l’exploitation). Le WP5 effectuera ensuite une modélisation bio-économique pour le calcul des indicateurs et des solutions optimisées qui permettent d’améliorer la durabilité des systèmes agricoles méditerranéens co-conçus dans le WP1. Le WP6 identifiera les besoins des agriculteurs et des parties prenantes pour renouveler leurs connaissances sur les systèmes de HDS, en lien avec le WP1, et produira les ressources ad hoc pour répondre à ces préoccupations.