PISANO Julie

Sujet: 

Etude de la structure génétique du campagnol roussâtre (Myodes glareolus) et d'un de ses pathogènes, l'hantavirus Puumala, sur la base d'une approche multimarqueurs génétiques et phénotypiques

Directeur de thèse: 
Michaux Johan
Directeur de thèse: 
Charbonnel Nathalie
Encadrant du CBGP: 
Université: 
Université de Liège (Belgique)
DEA ou master d'origine: 
Biologie des Organismes et Ecologie
Financement: 
Bourse FNRS
Dates: 
1 octobre 2011 - 30 décembre 2015

Stage de thèse organisé en co-tutelle entre l'université de Liège (Be) et l'INRA. Il vise à l'acquisition du doctorat en Biologie des organismes et écologie. L'ensemble des manips, les traitements de données et la rédaction se feront en ces lieux.

- L’échantillonnage sera augmenté et distribué sur l’ensemble de la région Fennoscandinave, avec un accent particulier sur les deux zones de contact précédemment localisées au centre de la Suède et au Nord de la Finlande. Cette étude sera aussi élargie aux populations de campagnols de la taïga (M. rutilus) présents dans cette région. L’analyse des marqueurs précédemment utilisés (cytochrome b, microsatellites) permettra de confirmer l’existence des 4 lignées nucléaires déjà mises en évidence et d’estimer plus précisément leur distribution.
- L’étape suivante sera d’analyser nos échantillons sur base d’un large panel de marqueurs nucléaires
autosomaux (Abpa, Idh1, Gpd1, Es1, Es2, Mpi, Np, Sod1) ou liés au sexe (DBY5, DBY7, Zfy2, Btk, Tsx, Syap1). Cette approche multigénique sera complémentée par une approche génomique de type « radsequencing ». Ces analyses permettent en effet d'estimer de manière plus fine encore, à partir de milliers de marqueurs de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) répartis sur l’ensemble du génome, les relations existant au niveau des zones de contacts entre lignées génétiques différentes. L’acquisition de ces données permettra de vérifier si le signal évolutif de ces différents marqueurs est congruent entre ces différents marqueurs et d’estimer les différences du flux d’introgression possibles d’un marqueur à l’autre afin de tester l’existence de certains gènes liés aux phénomènes de spéciation, ou l’occurrence d’événements de sélection.
- L’analyse morphométrique des caractères phénotypiques sera principalement axée sur un caractère dentaire (forme de la 3ème molaire supérieure) qui, par sa forte variation intra- et inter-spécifique, a un bon potentiel pour tracer des événements évolutifs récents. En outre, impliqué de manière évidente dans la nutrition, ce caractère a pu varier de manière adaptative. L’objectif est de caractériser les patrons de variation en Fennoscandinavie, de les replacer au sein du contexte plus global de la variation en Europe septentrionale, et de les interpréter en regard de la variation génétique et environnementale. Par ailleurs, les hybrides interspécifiques devant avoir une morphologie intermédiaire entre les espèces parentales, l’approche morphométrique permettra d’évaluer rapidement l’occurrence d’hybrides dans les populations naturelles.
- Nous préciserons enfin la structure phylogéographique de l’hantavirus Puumala, particulièrement au niveau des zones de contacts fennoscandinaves et développerons une approche co-phylogéographique, en association avec la structure génétique du campagnol roussâtre. Cette recherche permettra de mieux
comprendre les processus évolutifs à la base de la diversification des lignées de pathogènes. Des
réassortiments entre lignées de virus existent-ils au niveau des zones de contacts entre lignées de
campagnols, risquant de conduire à l’apparition de nouvelles lignées de virus ? Ces zones de contact
influencent-elles ainsi l’évolution de ce virus et son épidémiologie ? Les virus sont-ils aussi fortement liés à leurs lignées de campagnols ou bien des « sauts d’hôtes », notamment avec l’espèce soeur M. rutilus, peuvent-ils apparaître dans ces zones, ceci pouvant changer leur virulence ?