MISSON Julie

Sujet: 

Fonctionnement des métapopulations de campagnols et épidémiologie de l’hantavirus puumala

Qualification: 
Stage IUT Génie biologique
Responsable(s): 
COSSON Jean-François
Responsable(s): 
GALAN Maxime
Autres
Date de début: 
22 avril 2012 - 7 août 2012

Le stage concerne l’application de la génétique des populations pour comprendre les processus épidémiologiques qui déterminent la distribution spatiale des hantavirus. L'hantavirus Puumala (PUUV) est un virus à ARN qui est commun dans le Nord-Est de la France, en Belgique, en Allemagne et en Scandinavie. Il est responsable d'une fièvre hémorragique à syndrome rénal qui atteint chaque année plusieurs milliers de personnes en Europe. Le réservoir sauvage de ce virus est un petit rongeur forestier, le campagnol roussâtre. La dynamique des populations de ce petit rongeur pourrait être un facteur clé de la persistance et de la circulation de l’hantavirus. La dynamique du petit rongeur est variable en fonction des différents habitats: grandes populations dans les milieux forestiers versus petites populations isolées dans les milieux bocagers. Cette variation pourrait expliquer pourquoi la prévalence de l'hantavirus est elle aussi très variable en fonction des habitats : forte dans les grandes forets et faible dans les milieux bocagers.
Dans cette étude, nous utiliserons une approche de génétique des populations pour démontrer comment la dynamique des populations du campagnol influence l’épidémiologie de PUUV. La dynamique des populations sera inférée à partir de marqueurs génétiques qui permettent de mesurer indirectement la taille des populations et leur isolement par rapport aux populations adjacentes. Ces marqueurs sont des microsatellites. Un kit multiplexe de 19 microsatellites a été mis au point au laboratoire et utilisés dans des études précédentes (notamment Guivier et al 2011). Le stage consistera à généraliser les résultats récemment publiés dans cette étude à d’autres populations de rongeurs échantillonnées en Europe dans le cadre du projet de recherche Européen EDENext (http://www.edenext.eu/ ). Il s’agira donc de typer plusieurs centaines de rongeurs à ces 19 microsatellites et de faires les analyses statistiques pour mettre en relation la diversité génétique et la prévalence à l’hantavirus.
Guivier E, Galan M, Chaval Y, Xuereb A, Ribas Salvador A, Voutilainen L, Henttonen H, Charbonnel N, Cosson JF (2011) Landscape genetics highlight the pre-eminent role of rodent metapopulation host dynamics in the epidemiology of hantavirus Puumala. Molecular Ecology. 20 (17), 3569–3583, doi: 10.1111/j.1365-294X.2011.05199.x.
Oriane Lepeignel (2012) Use of landscape genetics to understand the role of Myodes glareolus population dynamics in the epidemiology of Puumala hantavirus. Supagro, Montpellier. 33 pages. Direction Jean-François Cosson.