Biologie moléculaire

Responsable(s) :
   GAUTHIER Philippe

Personnel impliqué : P. Audiot (TR, INRA), L. Blondin (Agent de maîtrise, CIRAD), C. Dalleau (TR, INRA), A. Coeur d'Acier (IE, INRA), S. Cros-Arteil (TR, INRA), M. Galan (TR, INRA), G. Genson (TR, INRA), A. Loiseau (TR, INRA).

Contexte scientifique et objectifs

Cette plate-forme a été créée en 2002 avec pour objectif de mutualiser des moyens techniques, des financements et des compétences. Elle a permis ainsi de regrouper et de proposer les moyens nécessaires à la production de données moléculaires permettant de répondre à des questions de systématique, de phylogénie, de phylogéographie, de génétique des populations et d'adaptation.

Activités et principaux équipements disponibles

Les activités de la plate-forme, réparties sur 200 m² de laboratoires, peuvent être regroupées en trois grandes catégories : génomique, génomique fonctionnelle et cytogénétique (voir figure ci-dessous).

Les principaux équipements associés à ces activités sont :

- une centrifugeuse à plaque (Sigma®) avec un débit de 384 extractions d'ADN par jour;
-  huit thermocycleurs 96 puits (Eppendorf® et MJ Research®);
- deux séquenceurs monocapillaires ABI310 (Applied Biosystem®);
- un séquenceur 96 capillaire MegaBACE 1000 (Amersham®);
- un poste de sécurité microbiologique type II (STERIL®);
- un incubateur à CO2 (Thermo®).

A court terme, nous prévoyons l'achat d'une PCR quantitative en partenariat avec le département Biologie Santé de l’Université Montpellier II, l'IFR 122, et éventuellement d'autre UMR (dossier en cours géré par l'IFR 122) pour développer l'aspect génomique fonctionnelle au CBGP.

Fonctionnement et budget

La plate-forme de biologie moléculaire, qui est sous la responsabilité de P. Gauthier, est largement utilisée au CBGP (43 projets de recherche regroupant 19 porteurs de projets, 7 techniciens, 10 doctorants et post-doctorants et une trentaine de stagiaires de courte durée et de visiteurs par an). La production annuelle est de l'ordre de 7 000 séquences et 28 000 typages (microsatellites, AFLP et SSCP).

La plate-forme possède son propre budget (environ 100 k€ par an), alimenté par les porteurs de projets qui y adhèrent. Ce budget, géré par le responsable de la plate-forme, sert 1) aux achats centralisés des consommables (ce qui permet de gérer les stocks efficacement et de réduire les coûts, le nombre de fournisseurs et le nombre de bons de commandes), 2) aux achats d'équipements et à leur maintenance.

L’effort consacré à l'accueil des stagiaires et visiteurs est important : une visite guidée, préalable à toutes manipulations et relative au fonctionnement de la plate-forme et à la prévention des risques, est organisée pour les nouveaux arrivants; un livret d'accueil reprenant les règles de fonctionnement et d'hygiène et de sécurité de la plate-forme est en cours de validation; un encadrant à la paillasse est obligatoirement attribué à chaque stagiaire; les protocoles sont en cours de standardisation; les différents postes de travail sont en cours d'évaluation (dans le cadre de la mise en place de l'Outil de Pilotage de la Prévention (OPPI) à l'INRA, mise en place pour laquelle le CBGP est une unité pilote) de façon à réduire au maximum les risques. A titre d'exemple, nous avons supprimé la radioactivité au profit de la fluorescence en 2004. Des réunions techniques et une liste de diffusion assurent la circulation des informations. Une page intranet sera également mise en place dans le courant de l’année 2006.

 



Grandes catégories d'activités réalisées