Travaux dirigés: hybridation moléculaire et PCR

 

Exercice 7

 

7- Détermination de la taille optimale des amorces

On détermine la séquence d'une amorce de n nucléotides.

a- Calculez la probabilité qu'une séquence de n nucléotides pris au hasard soit identique à la séquence de l'amorce.
b- Etant donné la taille L et la complexité C du génome d'un organisme, calculez le nombre moyen de fois que l'on peut trouver une séquence identique à la séquence de l'amorce choisie ci-dessus dans le génome de cet organisme. (on appelle complexité C d'un génome la longueur totale des séquences uniques (non répétées) composant ce génome; L et C sont exprimés en nombre de paires de bases).

c- Calculez la taille minimale d'une amorce qui ne s'hybriderait qu'à une position dans les génomes suivants:

organisme
E. coli
levure
drosophile
mammifères
taille du génome (L)
4 e+6 pb
1,4 e+7 pb
1,1 e+8 pb
2,9 e+9 pb
complexité du génome (C)
4 e+6 pb
1,4 e+7 pb
1,05 e+8 pb
1,8 e+9 pb

En pratique, il faut ajouter trois bases à la longueur théorique pour avoir une bonne sécurité car la valeur calculée est une valeur statistique.

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Réponse à l'exercice