a- Calculez la probabilité qu'une séquence de n nucléotides pris au hasard soit identique à la séquence de l'amorce.
b- Etant donné la taille L et la complexité C du génome d'un organisme, calculez le nombre moyen de fois que l'on peut trouver une séquence identique à la séquence de l'amorce choisie ci-dessus dans le génome de cet organisme. (on appelle complexité C d'un génome la longueur totale des séquences uniques (non répétées) composant ce génome; L et C sont exprimés en nombre de paires de bases).
c- Calculez la taille minimale d'une amorce qui ne s'hybriderait qu'à une position dans les génomes suivants:
organisme E. coli levure drosophile mammifères |
taille du génome (L) 4 e+6 pb 1,4 e+7 pb 1,1 e+8 pb 2,9 e+9 pb |
complexité du génome (C) 4 e+6 pb 1,4 e+7 pb 1,05 e+8 pb 1,8 e+9 pb |
En pratique, il faut ajouter trois bases à la longueur théorique pour avoir une bonne sécurité car la valeur calculée est une valeur statistique.
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