Comment utiliser GeneClass2 ?


Limites de responsabilités: Ce logiciel est fourni en l'état. Ni les auteurs et les diffuseurs dénient toute garantie, implicite ou explicite, quant aux performances de ce logiciel. Vous pouvez redistribuer librement ce programme, tant que les conditions suivantes sont remplies : Le programme n'est pas modifié, le fichier d'aide est inclus sans modifications, aucune sorte de contribution ne peut être demandée.

Merci de citer cette référence si vous utilisez GeneClass2:

Piry S, Alapetite A, Cornuet, J.-M., Paetkau D, Baudouin, L., Estoup, A. (2004) GeneClass2: A Software for Genetic Assignment and First-Generation Migrant Detection. Journal of Heredity 95:536-539.

ATTENTION : Par souci de compatibilité internationale, le séparateur décimal utilisé par GeneClass2 est le point.


Pour utiliser GeneClass2 vos fichiers de données doivent être dans un format reconnu. Les formats de fichier reconnus sont : GenePop (codage des allèles par 2 ou 3 chiffres, ou haploïde) (Raymond & Rousset, 1995; voir aussi "Genepop on the web"), FStat (Goudet, 1995), Genetix (Belkhir et al.), plus un format basé sur le XML (eXtended Markup Language) et un format à usage interne (CIRAD-PRN). Consultez les référence pour de plus amples informations concernant les formats de fichiers.
Notez qu'il est préférable que les fichiers de données contiennent aussi peu de données manquantes que possible (voir Piry et al., 2004 pour la gestion des données manquantes).

La langue (Français ou Anglais) peut être choisie à partir du menu "Langue" de GeneClass2.

Remarquez que pour la plupart des options choisies une référence bibliographique est indiquée dans une fenêtre et il est recommandé de consulter ces références lorsque des informations détaillées sont nécessaires.

Les pages suivantes donnent des instructions plus détaillées quant à l'utilisation de GeneClass2 :

  1. Détection de migrants
  2. Affectation d'individus (ou de groupes d'individus)
  3. Conversion de formats de fichiers de données et description de la diversité des populations

Bibliographie