Présentation du CBGP

Les recherches de l’unité sont centrées sur la biologie de populations et communautés d’organismes qu’il convient de gérer car ils représentent un enjeu majeur pour l’agronomie, les forêts, la santé humaine ou la conservation de la biodiversité. L’objectif du CBGP est de caractériser cette biodiversité, d’en comprendre la structure, et les facteurs qui la modifient, afin d’en prédire l’évolution sous la contrainte des changements globaux (changements climatiques, anthropisation du milieu). L’unité conduit ainsi une recherche de type académique sur des modèles d’intérêt en agriculture, en sciences forestières, en santé ou en biodiversité. Elle développe des concepts et outils dans les champs disciplinaires de la systématique, de la génétique et de l'écologie et est elle-même précurseur dans le développement de certaines approches, notamment en systématique (outils génériques d’identification taxonomique associés à des bases de données adossées à des analyses phylogénétiques) et en génétique des populations théorique (méthodes d’inférence statistique et développement des logiciels  associés). Les  résultats sont mis à la disposition des partenaires pour développer des outils de diagnostic, d’aide à la décision et/ou pour définir des stratégies de gestion (lutte ou conservation). Cinq grands thèmes fédèrent les recherches conduites au sein de l’unité. Ces thèmatiques de recherche, appliquées aux modèles biologiques rongeurs, arthropodes et nématodes, permettent  de générer des connaissances au bénéfice de la gestion des bioagresseurs et des espèces menacées:

  • Caractérisation de la biodiversité.
  • Biologie des bioagresseurs et de leurs antagonistes.
  • Origine, évolution et conséquences des invasions biologiques.
  • Caractérisation des réservoirs des maladies émergentes.
  • Compréhension des règles d’assemblage des communautés.

 

L’UMR CBGP a une organisation en 4 groupes de réflexion, ce qui offre une grande souplesse de fonctionnement :

   

Taxonomie systématique et phylogénie
Ce groupe s’intéresse à la caractérisation de la  biodiversité en développant des approches morphologiques, moléculaires, informatiques ou probabilistes pour :

  • Étudier la diversité de groupes  d’intérêt (arthropodes, nématodes et rongeurs) à différentes  échelles géographiques.
  • Étudier les facteurs affectant la distribution géographique des entités dans  ces groupes.
  • Reconstruire leur histoire évolutive.

Ce groupe développe des travaux en taxonomie et en  systématique, ainsi que  des bases de données spatialisées permettant de relier la présence de certains taxons à des facteurs explicatifs biotiques et abiotiques (ressource trophique, climat). Les réflexions du groupe s’appuient sur les développements  méthodologiques du réseau R-Syst.

Génétique des populations et phylogéographie
Ce groupe a pour objectif de retracer de façon indirecte l’histoire démographique des populations naturelles à partir de mesures de polymorphisme génétique. Ce travail comprend un volet empirique (production de données génétiques grâce aux outils moléculaires et analyses statistiques de ces données) et un volet théorique (développement de méthodes d’inférence statistique). Ce groupe s’intéresse particulièrement aux situations de déséquilibre évolutif se rencontrant dans les populations ou espèces montrant de larges expansions démographiques (bioenvahisseurs, bioagresseurs) ou des réductions démographiques (espèces menacées). Les recherches concernent essentiellement l’étude de processus évolutifs neutre vis-à-vis de la sélection naturelle (dérive, mutation et migration).

Biologie de l’adaptation : génétique, génomique et traits d’histoire de vie
Ce groupe a pour ambition d’apporter une vision globale des processus adaptatifs impliqués dans les adaptations biotiques ou abiotiques et de leur conséquence en terme de biologie des bioenvahisseurs et bioagresseurs ou d’écologie de la santé. Le groupe s’intéresse particulièrement à l’étude des traits d’histoire de vie et des caractéristiques génétiques impliquées dans les interactions plantes-phytophages ou hôtes-pathogènes, dans les capacités de changement d’hôte, d’invasion, de résistance aux pathogènes ou dans l’isolement reproducteur.

►Écologie des populations et des communautés
Ce groupe développe sa réflexion autour des systèmes naturels ou expérimentaux constitués de populations d’une même espèce ou d’assemblages d’espèces afin de comprendre et, dans la mesure du possible, de prédire leur évolution. Un premier volet des activités porte sur l’étude de patrons de distribution spatio-temporelle des espèces. Un deuxième volet concerne l’étude des mécanismes de coexistence d’espèces avec la mesure de l’influence relative des processus écologiques déterministes, stochastiques et historiques qui structurent les communautés.
 

Ressources du CBGP :

  Élevage et phénotypage d’arthropodes en milieu confiné
L’ensemble des chambres et enceintes climatiques ont été mutualiser sous la forme d’une plate-forme utilisable par l’ensemble des membres du CBGP. L’objectif de cette plate-forme est de fournir l'environnement de travail et les infrastructures nécessaires aux différents programmes de recherche centrés sur les processus adaptatifs et nécessitant la mesure de traits quantitatifs en conditions contrôlées.

 Biologie moléculaire
Cette plate-forme a pour objectif de mutualiser des moyens, financements et compétences. Elle a ainsi permis de regrouper et proposer les moyens techniques nécessaires à la production des données moléculaires permettant de répondre à des questions de systématique, phylogénie, phylogéographie, génétique des populations et adaptation.

Quarantaine en nématologie
La plate-forme, aux normes de confinement NS2 "nématodes phytoparasites", se compose :

  • D'une zone à risques comportant un "module extractions" (extractions des nématodes du sol et des racines) et un "module technique" (décontamination chimique des eaux usées du "module extractions" ; nettoyage de la vaisselle utilisées aux ultrasons ; préparation de collections cryoconservées de nématodes phytoparasites).
  • D'une zone contrôlée comprenant un "module préparation" (préparations chimiques sous sorbonne), un "module CIV" (cultures in vitro), un "module optique/collection" (observation microscopique des nématodes et collection fixée), un "module autoclaves" (stérilisation/décontamination) et un "module cellules de cultures" (cultures de lignées de cellules de plantes et élevage des nématodes).

Serre
La plate-forme serre du CBGP est constituée de 3 chapelles de 50 m2 chacune et d'un local technique de 100 m2. Chaque chapelle est équipée de filets "insect-proof" au niveau des ouvrants. Des ensembles de tables amovibles sont disponibles pour chaque chapelle. Le rafraîchissement est assuré par un système de cooling fonctionnant par injection forcée d'air rafraîchi par brumisation d'eau osmosée. Un bac de collecte des eaux de ruissellement des chapelles permet une stérilisation par chloration. Chaque chapelle fonctionne en complète autonomie, la température et l'humidité relative sont modulables et des batteries de lampes assurent des compléments lumineux si nécessaire. Le pilotage de la serre se fait via une unité informatique câblée sur la centrale gérant les alarmes de l’unité. Les alarmes de disfonctionnement sont répercutées sur un téléphone portable et un système d'astreintes a été mis en place pour y faire face.Le principe de l'utilisation de la serre a été défini comme une plate-forme de production de matériel végétal sain. En conséquence, les expérimentations faisant appel à des pathogènes sont proscrites.

Informatique

Cette plate-forme a été créée en septembre 2013 et a pour objectif de mettre en cohérence l’ensemble des ressources informatiques de l’unité. Cet objectif passe par la mutualisation des moyens techniques, de compétences humaines et l’optimisation des investissements. Elle regroupe et propose les moyens informatiques nécessaires aux activités de recherche et d’appui à la recherche du CBGP. Aujourd’hui deux services sont structurés et disponibles : la gestion des postes de travail (164 postes informatiques) et du réseau, et le calcul scientifique (cluster de calcul intra-muros).

 

Contact : dircbgp@supagro.inra.fr