Plateau de calcul

En 2002, Arnaud Estoup et Jean-Marie Cornuet ont initié un cluster de calcul de 6 ordinateurs afin de répondre à des besoins de calcul d'inférence en génétique des populations par des méthodes ABC (Approximate Bayesian Computation). A présent ce cluster compte 33 serveurs. Du fait de besoins croissants en calculs au sein du CBGP, notamment en génétique des populations et en phylogénie, il a été décidé de mutualiser cet ensemble d'ordinateurs sous la forme d'une plate-forme utilisable par l'ensemble des membres du CBGP.

Principaux équipements disponibles

Le cluster de calcul est composé d'un noeud maître et de 32 nœuds de calculs pour une totalité de 260 cœurs, soit :

 Serveurs de calcul

    15 Dell T7400 4 cœurs mono-sockets X5472 à 3 GHz, 4 Go de RAM, 150 Go de disque à 7,5 KTM
    8  Dell T7400 8 cœurs bi-sockets X5472 à 3 GHz, 4 Go de RAM, 150 Go de disque à 7,5 KTM
    4  Dell R710 12 cœurs en bi-sockets X5690 à 3,4GHz,32 Go de RAM, 600 Go de disque à 15 KTM en raid O
    1  Dell R910 40 cœurs en quadri-sockets E7-4850 à 2 GHz et 256 Go de RAM, 3,6To à 10 KTM
    1  Dell C6100 équipé de 4 unités de 12 cœurs bi-sockets X5660 à 2,8 Ghz, 24 Go de RAM, 250Go de disques à 7,5 KTM

Nœud maître et espace disque

    1 Dell R710 mono-socket X5650, 16 Go de RAM, 300 Go à 15 kTM en raid 1, carte H800 de 1Go non volatile
    1 baie disque Dell MD1200 avec 12 DD de 3 To à 7,2 ktm (25 To utile en raid 6)

Infrastructure réseaux

réseau de calcul

    Dell Power Connect 6248 avec 48 ports à 1Gb
    câblage catégorie 6

réseau de gestion (idrac + kvm)

    Netgear FS526T, 26 ports à 100Mb
    câblage catégorie 5e
    KVM Dell 2160AS + 4 PEM

Compilateur

    Intel Compiler XE 2011

Électricité

    MGE Galaxy 3000 de 24 KW avec 5 min d'autonomie à pleine charge
    un ligne directement tirée du TGBT pour le réseau ondulé
    un ligne directement tirée du TGBT pour le réseau non-ondulé
    2 prises IEC509 32 A triphasées pour le réseau ondulé
    2 prises IECC509 32 A triphasées pour le réseau non ondulé
    un PDU triphasé avec sondes thermiques et hygrométriques pour le réseau ondulé
    un PDU triphasé pour le réseau non ondulé

Climatisation

    1 rooftop free-cooling bimoteur Trane de 40,5 KW
    2 splits Daikin de 7 KW en redondance

salle

    une salle de 23 m2 commune avec les serveurs du CBGP et  équipée d'une badgeuse
    pas de système dédié d'extinction d'incendie

Dépense à venir

De plus la plate-forme se dotera de :

    serveurs R720 en 2012 pour 30k€

Fonctionnement et budget

Le plateau est actuellement utilisé par 34 utilisateurs . Il est accessible à tous les utilisateurs potentiels du CBGP et, accessoirement, à des collaborateurs externes sur des périodes courtes et des projets communs précis.

Le droit d'utilisation du plateau se fait par projet. Les projets sont soumis au responsable technique  qui valide la faisabilité en terme de calculs et d'infrastructures. Les projets acceptés s'acquittent alors d'un droit d'entrée annuel (200€) qui permet l'ouverture d'un compte temps pré-crédité annuel de 100€ . Si le projet dépasse son temps de calcul initial il sera alors facturé à l'heure de calcul supplémentaire (0,02 €/h/cœur). Les utilisateurs doivent suivre une formation adaptée à leur niveau afin d'être autonomes sur le cluster. Cette formation est proposée par le plateau de calcul et est incluse dans le droit d'entrée annuel. A tout moment une assistance succincte sera assurée par le responsable technique.

La plate-forme possède son propre budget (95 K€ en 2011, dont 40 k€ pour des investissements d'infrastructure) alimenté par les porteurs de projets et occasionnellement par des aides institutionnelles ( INRA SPE, INRA EFPA, SupAgro, CBGP). Ce budget permet de couvrir les frais de contrat de maintenance et le renouvellement d'une partie des équipements. Un guide de l'adhérent et un guide de l'utilisateur regroupe les conditions d'accès, les règles de gestion budgétaire et les règles d'utilisation du plateau de calcul du CBGP.